Sino al 1871 chiamata San Germano, la città ereditò il nome attuale dall'antica città osca, confederata con i Sanniti, "Casinum". Nel 312 a.C. Casinum divenne colonia romana e nel periodo repubblicano e del primo Impero fu centro militare e commerciale di particolare rilevanza, quando fu anche ben descritta da Marco Terenzio Varrone, da Plinio il Vecchio e da Strabone. Del periodo delle lotte fra Impero e Papato è la Rocca Janula, originariamente costruita dall'Abate Aligerno nel X sec., divenuta poi fortezza a guardia di tutta la piana sottostante. Cassino si fa custode, inoltre, del primo documento della lingua italiana e della più antica formula di testimonianza giuridica in difesa dei "diritti reali": la "Magna Charta" cassinese (sec. X.).
Nel 529 Benedetto da Norcia, dopo aver trascorso tre anni in totale solitudine a Subiaco, fondò l'Abbazia di Montecassino, importantissimo centro di cultura e di diffusione del monachesimo occidentale. Cassino, completamente distrutta nel corso della II guerra mondiale, e perciò detta la "Città Martire", è stata ricostruita subito dopo secondo moderni criteri urbanistici, e conserva la dolorosa testimonianza dell'evento con i cimiteri militari polacco, inglese, tedesco e italiano, dove riposano più di 30.000 soldati. Il Museo Multimediatico HISTORIALE vi farà rivivere i momenti più salienti della guerra.
L'attuale insediamento di Sant’Elia Fiumerapido risale all'anno 990 allorché l'Abate Mansone di Montecassino vi localizzò il nuovo centro abitato e fortificato, cui diede il nome di Sant'Elia dalla omonima chiesetta esistente nella pianura del fiume Rapido ed andata distrutta, assieme al vecchio villaggio nell'anno 866 a seguito di un saccheggio dei Saraceni, ma poi ricostruita e andata distrutta definitivamente alla fine del secolo XV. Al nome Sant'Elia fu aggiunto quello di Fiumerapido con Regio Decreto del 1862. Sulle colline e nelle campagne circostanti vi sono tracce inequivocabili di un passato più remoto: mura poligonali di epoca pre-romana (sec V-IV a.C.); resti dell'acquedotto romano che da Valleluce alimentava i serbatoi della antica Casinum; epigrafi latine, resti di colonne e frontoni di edifici, i ponti di Sant'Elia Vecchio e Ponte Lagnaro.
Interessante per storia e vestigie archeologiche è la frazione di Valleluce, sede di un monastero rilevante che ospitò San Nilo e San Bartolomeo. Per oltre ottocento anni la città fu feudo di Montecassino, e nella sua storia fu al centro delle attenzioni dei reali di Napoli come Federico II, Carlo D'Angiò e Ferdinando D'Aragona. Dal 1500 fu un importante centro industriale che produceva carta e tessuti soprattutto per le esigenze dell'Abbazia di Montecassino. Ai Benedettini si deve il fiorire nei primi secoli delle varie attività. Pregevoli sono diversi edifici settecenteschi del centro storico con artistici portali in pietra.
Interessanti dal punto di vista storico ed artistico sono le chiese di S. Maria La Nova (nel centro storico), Ognissanti, Santa Maria Maggiore al di sopra del corso del fiume Rapido, Chiesa di Casalucense, Chiesa di S. Michele Arcangelo a Valleluce, Santa Maria delle Grazie nella frazione Olivella, resti del monastero di S. Nilo a Valleluce. Di particolare valore naturalistico la zona protetta dei Monti Bianchi, denominata "Area Wilderness".
